Analysis of Genetic Variation of Measles Virus Genotype and Isolate M-F Intergenic Spacer Sequences PopSet: 2105287799 using Restriction-Fragment Length Polymorphism (RFLP) In Silico

Abstract

Virus Campak adalah anggota dari Paramyxoviridae, dalam genus Morbillivirus. Penyakit ini mudah menular melalui sistem pernapasan, terutama percikan ludah atau cairan yang keluar dari sistem pernapasan, seperti pada saat bersin, batuk, maupun berbicara. WHO saat ini mengenali 8 clade, yaitu A, B, C, D, E, F, G, dan H. Dalam clades ini, ada 23 genotipe yang dikenali, seperti A, B1, B2, B3, C1, C2, D1, D2, D3, D4, D5, D6, D7, D8, D9, D10, E, F, G1, G2, G3, H1, dan H2, dan 1 genotipe sementara, d11. Virus dengan urutan terkait dalam beberapa genotipe (misalnya, B3 dan H1) disebut sebagai cluster. WHO merekomendasikan bahwa 450 nukleotida yang mengkode terminal COOH 150 asam amino nukleoprotein (N - 450) adalah jumlah minimum data urutan yang diperlukan untuk menetapkan genotipe campak. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis variasi genetik pada sekuens gen genotipe virus campak dan isolat M-F intergenic spacer  dengan nomor identitas PopSet NCBI 2105287799 menggunakan RFLP in silico. Enzim restriksi yang digunakan adalah PluTI. Hasil dalam penelitian ini menunjukkan bahwa terdapat variasi genetik dalam pengenalan situs Enzim PluTI (Alel A1, A2, A3 dan A4). Berdasarkan hasil RFLP in silico terdapat variasi genetik dalam sisi pengenalan restriksi enzim PluTI pada 28 sekuen gen genotipe virus campak dan isolat M-F intergenic spacer.