Analisis Oligonukleotida Gen Pengkode Starch Synthase pada Ubi Kayu (Manihot esculenta Crantz)
Keywords:
Desain Primer, Ubi Kayu, Biosintesis Pati, Gen Starch SynthaseAbstract
Pati ubi kayu merupakan bahan baku berbagai jenis industri, seperti industri pangan, farmasi, bioplastik, dan bioethanol. Pemanfaatan pati spesifik industri tertentu dipengaruhi oleh komposisi pati yang terdiri dari amilosa dan amilopektin. Salah satu enzim yang berperan dalam meregulasi komposisi amilosa/amilopektin adalah Starch Synthase (SS). Pemuliaan tanaman untuk merekayasa komposisi pati merupakan salah satu upaya untuk penyediaan bahan baku pati. Informasi genetik yang mengatur biosintesis pati pada tanaman ubi kayu perlu diketahui dan tahapan awal untuk mendapatkan informasi genetik yang valid adalah dengan mendesain oligonuklotida yang mengamplifikasi gen target secara spesifik. Oleh karena itu, tujuan penelitian ini adalah untuk memperoleh oligonukloetida dengan spesifitas tinggi sehingga dapat digunakan untuk amplifikasi fragmen gen SS ubi kayu. Sekuen gen SS yang terpublikasi di submit ke Primer3 versi 4.0 sebagai template untuk mendesain kandidat oligonukleotida dengan parameter sebagai berikut: Temperature melting (Tm) berkisar 60oC, GC content 40-60%, dan panjang untai basa 18-25 bp. Urutan setiap kandidat oligonukleotida di-realign ke database genom ubi kayu di Phytozome12 untuk menilai sekuen diluar target. Oligonukleotida yang dipilih dianalisis lebih lanjut spesifitasnya dengan mengamplifikasi gen SS menggunakan PCR. Sekuen oligonukleotida yang terpilih memiliki urutan basa nukleotida 5’-CAACCCTTTGATCCATTTAG-3’ untuk forward dan 5’-ATCCTCGTATTTAGCAGCAG-3’ untuk reverse. Oligonuleotida ini memiliki nilai Tm 54.75oC dan 54.84oC, GC content sebesar 40-45%, dan total panjang sekuen 20 bp untuk setiap oligonukleotida primer. Oligunukleotida yang di-realign ke database genom ubi kayu menunjukan nukleotida tersebut spesifik pada kromosom 1 (21623315-21629007), yang telah dinotasikan sebagai urutan pengkode SS. Analisis PCR dilakukan dengan menggunakan oligonukleotida sebagai pasangan primer untuk mengamplifikasi gen SS dengan template cDNA. Berdasarkan hasil ini diperoleh pita DNA tunggal dengan panjang yang diharapkan yaitu 192 bp.
Published
How to Cite
Issue
Section
Copyright (c) 2022 Dhea Ferda Pratiwi, Dwi Hilda Putri, Wahyuni
This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
This is an open-access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International License (http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/) which permits unrestricted non-commercial use, distribution and reproduction in any medium