Studi in Silico Amorphophallus sp. Berdasarkan DNA Barcode rbcL

Abstract

Amorphophallus sp. merupakan genus tumbuhan dari famili Araceae dapat ditemukan tumbuh secara liar di alam yang memiliki nilai ekologis dan ekonomi signifikan. Spesies-spesies Amorphophallus menunjukkan variasi morfologi yang cukup tinggi. Tingginya variasi ini menunjukkan adanya keragaman genetik yang perlu untuk dikaji sebagai upaya konservasi genetik. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis hubungan kekerabatan, jarak, dan variasi genetik pada 18 spesies Amorphophallus berdasarkan gen rbcL. Metode yang digunakan yaitu mengoleksi data sekuens DNA, mengurutkan sekuens DNA, serta sekuen yang telah disejajarkan dilanjut untuk dianalisis jarak genetik dan variasi genetiknya. Hasil rekonstruksi pohon filogenetik Amorphophallus sp. menunjukkan bahwa pada region rbcL terbagi menjadi 3 (tiga) clade ingroup dan satu outgrup. Clade 1 terdiri dari A. variabilis, A. tinekeae, A. lambii, A. beccarii, A. discophorus, A. decus-silvae, A. titanum, A. borneensis, A. gigas, dan A. hewitii. Clade 2 terdiri dari A. paeoniifolius, A. koratensis, dan A. prainii. Clade 3 terdiri dari A. haematospadix, A. manta, A. pendulus, A. hirsutus, dan A. muelleri. Outgrup yang digunakan yaitu Alocasia macrorrhizos Jarak genetik antar spesies Amorpophallus sp. relatif sempit yaitu antara 0,00-0,02. Pada wilayah DNA barcode rbcL memiliki 17 variasi pada nukleotida Amorphophallus.